英文自然是要学，也特别重要，但蔡元培根据自己学习外文的经验和体会，学英文而学日文相对容易些。既然大多数西方著作，都有日文译本，他建议学生不妨先学习与汉语较为接近的日文，以了解世界大势。
他亲自负责日文教学，并把他本人边学日文边学着翻译方法，对学生们倾囊相授。在蔡元培的悉心指导下，很多学日文的同学“不数日，人人能读日文，且有译书者”，这件事在当时被很多人当成传奇。
蔡元培在教书、编书之余，还跟马相伯学拉丁文。
每天一大早，蔡元培便从南洋公学走两三公里的路，赶到徐家汇土山湾马先生的住处，他是个习惯早起的人，有时，早5点钟就到了马老师的家门口。
后来，蔡元培又选了24名学生，一道师从马先生学习拉丁文。
马相伯（1840年4月7日—1939年11月4日），原名马志德，圣名若瑟，又名钦善、建常、绍良，字斯藏，又字相伯、湘伯、芗伯等，晚号华封老人。
祖籍江苏丹阳，生于丹阳马家村（今江苏丹阳），是一位杰出的教育家，是震旦大学、复旦大学、复旦中学、向明中学的创始人兼首任校长，耶稣会神学博士。
民国高官于右任、邵力子为其弟子。后人辑有《马相伯先生文集》。
此时，张元济在南洋公学任译书院院长，蔡元培常向自己这位同科好友借阅西学书籍和日文资料。来往多了，他们之间的关系更为密切和志同道合，不时彻夜长谈。
二人商定合资创办一份报纸，专门向国人译述外国报刊对中国的评论和报道，初名为《开先报》，后改称《外交报》。
蔡元培为该报撰写《叙例》，阐明办报宗旨“荟我国自治之节度，外交之政策，与外国所以对我国之现状、之隐情，胪举而博译之，将以定言论之界，而树思想之的。”
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