三是进行合理的学制分类。
中西学堂根据国学程度的高低把学生分为三斋(相当于年级)，分别教授不同程度的国学课程，第一斋为蒙学斋，第二斋为词学斋，第三斋为理学斋。同时，学生又可按自己算学、外语的程度，到不同的级别去听相关的课程。例如，有的学生根据其国学程度被列在第三斋，但外国语可到第二斋就读，算学可到第一斋学习，并不受原来所在斋的限制。
能够有效面对学生起步不同的现状，这在今天的眼光看来，也是极为合理的。
四是进行极为严格的管理。
中西学堂的学生每天早晨5点起床、盥洗，6点吃早饭；上午7点外语及算学各班上课，12点吃午饭；下午2点起，国学(读书、温书、讲书)各班上课，6点体操，7点晚饭；8点余课，9点就寝。
有制度还要有监管执行的人，蔡元培聘请人品诚笃的胡钟生为监学，在学堂大门左傍辟一房间，监视学生出入，另每一斋派一国学教员督导学生攻读。这可真是得了中国私塾严格管教风格的真传。
最有意义的一件事，就是增设课程。
在蔡元培执掌校务期间，中西学堂的课目已经大致包含了中国深浅层次不同的国学，以及外文、数学、物理学、化学、动植物学和体操等与世界现代教育接轨的科目。从课程所涵盖的知识面上来看，已经完全突破了传统中式经典教育的内容。
这充分体现了蔡元培的教学理念——传播广博、先进的文化新知。
曾任国民政府第一任教育部长、行政院秘书长，也是北京大学历史上任职时间最长的校长的蒋梦麟，在回忆自己在中西学堂，学到的新知识对他产生的震撼时写道
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