桓玄被吓坏了，什么话都听不进去。他要离开这帮亡命徒，想要奔汉中，投奔梁洲刺史桓希。但大家对他已经失望至极，无心跟他长途跋涉再遭罪了。
屯骑校尉毛修之，是毛璩弟弟的儿子，看这情况说道：“汉中路途遥远，又不能坐船，不如去蜀地。”这话桓玄听进去了。
碰巧是毛璩的弟弟宁州刺史毛璠死了。毛璩派他哥哥的孙子毛祐之及参军费恬率数百人，送毛璠的灵柩回江陵，与桓玄在枚回洲相遇的。一看是桓玄的战船，毛祐之、费恬二话没说，即刻下令弓箭手放箭。桓玄宠嬖的丁仙期、万盖急忙以身体遮蔽桓玄，都被射成了马蜂窝。桓玄负伤带箭逃走。
半路又被益州督护冯迁拦住去路。冯迁抽刀逼近，要杀桓玄，桓玄大喝道：“大胆狂徒，竟敢弑杀天子？！”说着拔下头上固定发髻的玉导递给他，求他放自己一马。
冯迁哈哈一笑说：“哪里是什么天子？！最多是个欺世盗名窃取皇权的小偷罢了。”于是手提刀落斩桓玄的首级，这一年桓玄才36岁。桓石康等誓死追随桓玄的将领也被杀死。
摆脱了桓玄的控制，司马德宗被荆州别驾王康产安置到南郡郡府官舍，太守王腾之率文武官员担任侍卫。皇帝司马德宗时隔五个月又在江陵复辟了。
司马德宗从396年11月继位，皇权旁落，受司马道子父子挟制。
397年，兖州刺史王恭和豫州刺史庾楷因对尚书左仆射王国宝等不满而领兵造反。398年，王恭、庾楷协同荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄等再次谋反。接下来就是持续多年的五斗米道孙恩起义。
402年，桓玄自江陵起兵攻入建康，废杀司马道子、元显父子，自封为丞相、太尉。从此成为东晋的统治者。最后于404年1月篡位称帝，把自己降为平固王，打发到浔阳。可以说没过上一天安生日子。直到6月，桓玄被杀，自己又糊里糊涂复了位。这一切的一切都是因为自己傻，傻得贵为皇帝却不能主宰自己的命运。
毛修之因为劝说桓玄入蜀有功，被封为骁骑将军。桓玄的儿子才八岁，被押回江陵处斩。除桓家人外，所有被“胁迫”参加了桓楚伪政权的各级官员一律赦免。
同时桓玄的人头被送给正在西进的刘毅，刘毅将它验明正身后送往建康，悬挂在朱雀桥上示众。短暂的桓楚王朝貌似结束了。
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